刑事訴訟程序開始是從偵查、起訴、審判到確定判決後刑罰的執行結束為止，所以當檢察官接到刑事案件後，認為有犯罪事實之後就會進入起訴程序，刑事案件就會進入法院審判程序，也就是由法院審理是否成立犯罪，即進入審理程序，法官審理該刑事案件到判決確定後，法官認為檢察官所提出的證據足夠認為該犯罪行為人是有罪之後，就會依據刑法規定該犯罪行為人的罪名科刑。所以審判除了是確定行為人是否有犯罪之外，也是確定應該要對行為人論罪科刑的刑罰範圍為何。

刑事訴訟程序會依照案件類型的繁簡、科處刑罰的輕重以及被告是否認罪，分為「通常程序」、「簡易程序」與「協商程序」三種刑事訟訴程序。

對於重大且複雜的刑事案件，證據調查及論罪科刑上須慎重，所以適用的刑事訟訴程序是通常程序。而較簡單或是輕微的刑事案件適用簡易訴訟程序。

若案件不屬於死刑、無期徒刑、最輕本刑3年以上有期徒刑，也不是高等法院管轄的第一審刑事案件，在被告已經認罪的前提下，可以進行認罪協商，以達到訟訴經濟，讓司法資源得以更加有效的運用。以下介紹三種刑事訴訟程序：

一、通常程序

1、準備程序

為了審判程序能夠順暢進行，法官開始審理案件之前，會有一個先行的程序，即為「準備程序」。在準備程序中必須將整個審判程序的調查證據理清，所以若當事人有任何證據要求調查、要傳喚證人作證，或者是做鑑定、或請求向其他機關調取書證等相關資料，都要在準備程序中提出。當法官認為有調查之必要時，就會在審理過程中預留時間，使之後的審理程序能夠順利、有效。

但若在準備程序中，被告坦承犯下檢察官所起訴的犯罪事實，法院就可以依據案件的情節輕重，選擇採用「簡式審判程序」或是「簡易程序」來處理。

2、簡式審判程序

若被告承認犯罪，對於犯罪事實並不爭執，證據調查程序就可以簡化，有關證據調查次序、方法的預定、證據調查請求的限制、證據調查的方法、證人、鑑定人詰問的方式等，都不需要強制適用，這麼做可以在犯罪行為人已經承認犯行且也有證據證明確實犯罪的情況下，免去行為人再受到冗長的審理程序，以達訴訟經濟。

3、交互詰問程序

若被告不承認犯罪，在準備程序之後，就進入審理調查階段。此階段會對證人進行交互詰問的程序，這程序稱為「交叉詰問」，是由檢察官、律師或是被告分別在法庭上對證人直接詰問，以詰問的方式讓證人講出對自己有利的證詞，所以如果證人有虛偽不實的陳述時，可以藉由當庭質問證人，降低法官對證人證詞的可信度。

「交叉詰問」的進行方式是先由一方詰問後，才會輪到他方發問。所以如果證人是由被告一方聲請傳喚的，就會由辯護律師或是被告一方先行問話，這就叫作「主詰問」，當主詰問完後，就會由檢察官進行詰問，即為「反詰問」。當反詰問結束後，辯護律師或被告仍可就「反詰問」再為問話，此稱為「覆主詰問」。

二、簡易程序

刑事訴訟法第449條規定，被告犯罪後，依據自己的自白或是其他現存的證據，足以認定被告有犯罪，且依法適合判處「緩刑、得易科罰金之有期徒刑及拘役或罰金」時，檢察官就可以不依據通常程序起訴，而向法院聲請簡易判決處刑，依簡易程序來審理案件。

因為案情明朗，所以原則上法院可以不用開庭審理，但是法官若認為仍有開庭審理必要時，是可以開庭審理。但是前提是案件要適用簡易程序的才有適用，所以必須是法院所宣告的刑度為「緩刑、得易科罰金之有期徒刑及拘役或罰金」的範圍之內，簡易程序的目的是要被告有自新的機會。

三、協商程序

依據刑事訴訟法第455-2條規定，刑事案件經由檢察官向法院起訴或聲請簡易判決處刑後，只要起訴或聲請簡易判決的處刑不是死刑、無期徒刑、最輕本刑3年以上有期徒刑的案件，也不是高等法院管轄的第一審案件，在法院言詞辯論終結或是論罪處刑之前，檢察官和被告可以依據被告所願意接受的刑度或是願意接受緩刑的宣告等進行協商，經由檢察官、被告雙方達成合意，被告也承認犯罪後，再由檢察官聲請法院依據協商的內容來判決，這程序就是協商程序。